Stejně jako psi trpí i kočky řadou různých onemocnění. Některé z nich jsou pro oba druhy společné, jiné jsou zase typické spíše pro kočky. Z infekčních chorob můžeme namátkou vybrat např. infekční panleukopenii ("kočičí mor", napadá imunitní a trávicí systém), herpesvirózu a kalicivirózu (způsobují postižení dutiny ústní a dýchacích cest) nebo chlamydiózu (chronické záněty spojivek a dýchacích cest). Proti všem z těchto uvedených infekcí se lze preventivně bránit pravidelným očkováním. FeLV (virus kočičí leukémie) a FIV (virus kočičí imunodeficience neboli "kočičí AIDS") postihují imunitní systém, FIP (felinní infekční peritonitida) napadá zejména trávicí trakt (při tzv. vlhké formě FIP bývá přítomna i tekutina v dutině břišní a hrudní). Všechny tři posledně jmenované infekce bývají pro kočku smrtelné.
Mezi nejčastější kočičí endokrinopatie patří hypertyreóza (nadměrná aktivita štítné žlázy) nebo diabetes mellitus (cukrovka). Postižení kardiovaskulárního aparátu je u koček reprezentováno tzv. hypertrofickou kardiomyopatií (HCM), kdy dochází ke zbytnění srdeční svaloviny, což může vést až k oběhovému selhání. K tomuto onemocnění jsou predisponovány např. kočky britské, mainské mývalí či ragdoll. Velmi často se (zejména u starších koček) vyskytuje chronické onemocnění ledvin. Mezi typické příznaky patří hubnutí, nechutenství, zvracení/průjem (nebo naopak zácpa), zhoršená kvalita srsti, zvýšený příjem tekutin či nadměrné močení. Mnohdy však bývají majiteli zaznamenány až v pokročilém stadiu, kdy již je velká část ledvin nevratně poškozená. Diagnózu lze potvrdit vyšetřením krve a moči. Neobvyklá nejsou u koček ani nádorovitá onemocnění, z nichž za všechny lze uvést př. lymfom. Samostatnou kapitolu by pak mohla tvořit onemocnění trávicího nebo dýchacího aparátu.
Toto je pochopitelně pouze výčet některých nejobvyklejších a nejdůležitějších chorob koček. Diagnostika probíhá na základě anamnestických údajů získaných od majitelů a vlastního klinického vyšetření pacienta. Leckdy je zapotřebí prohlídku doplnit o hematologické a biochemické vyšetření krve, rentgen, odběr vzorků pro laboratorní analýzu či další diagnostické metody. Po zjištění příčiny onemocnění následuje odpovídající volba terapie. Někdy je zapotřebí i chirurgická intervence (odstranění nádoru, močového kamene, cizího tělesa ve střevech a další).